技術障礙是制約我國醫藥物流主要的原因：信息化水平落后。在發達國家，基于因特網的信息技術、網絡技術相當發達，供應商、批發商、零售商都能通過網絡實現信息共享，使得數據能快速、準確地傳遞，大大提高了庫存管理、裝卸運輸、采購、訂貨、配送、訂單處理等的自動化水平。

而在我國，信息技術的應用尚處于起步階段，大多沒有物流信息系統，信息缺乏相互鏈接和共享，遠遠沒有達到物流運作所要求的信息化水平。盡管許多藥品供應商、中間商、零售商、醫院藥房等都配備了電子計算機，但由于相互之間大多沒有形成網絡，因而發揮的作用極為有限。

醫藥生產企業、商業批發企業還沒有形成統一的藥品標準編碼。我國目前物資編碼尚未實現標準化，各個領域分別制訂了自己的物流編碼，其結果是不同領域之間情報不能傳遞，電子計算機無法聯網，因而妨礙了系統物流管理的有效實施，醫藥行業也不例外。

無論是工商企業、醫療機構自行設計的編碼，還是總后衛生部等各種組織設計的編碼，均是自成體系，因而只能在各自的系統內使用，相互之間并不能兼容。藥品進入不同的連鎖門店，就相應印上自己的編碼。進入超市的非處方藥，則被納入超市的編碼系統。不同的連鎖企業之間、連鎖企業與超市之間的互不兼容，勢必會造成信息處理和流通效率低下，這是困擾物流配送的又一大難題。

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